כל שיטות הטיפול והריפוי של הרפואה המשלימה רואות בגוף האדם אלמנט הוליסטי וניתן לחלק את השיטות הטיפוליות השונות של הרפואה המשלימה למספר קבוצות :
שיטות רפואה משלימה מובנות – שיטות אבחנה וטיפול בעלות משנה סדורה ומובנית כולל מערכת תאורטית. דוגמה לשיטות טיפול אלו הן הרפואות השונות מהמזרח הרחוק : רפואה סינית, רפואה הודית ושיאצו.
טיפולי גוף – נפש – שיטות טיפול אלו מאמינות שקיים קשר בין הגוף והנפש האנושיים ולכן טיפול בנפש יכול לרפא חוליים גופניים. שיטות טיפוליות אלו כוללות בין השאר : דמיון מודרך, מדיטציה, תרפיה במוזיקה ועוד.
טיפולים משלימים שונים – שיטות טיפול משלימות בעלות השפעה על הביולוגיה של גוף המטופל ובכך מצמצמות את היקף המחלה או את תופעות הלוואי כתוצאה מלקיחת תרופות שונות כנגד המחלה. למשל : נטורופתיה, תוספי תזונה, צמחי מרפא למיניהם ועוד.
טיפולי מגע – שיטות טיפול אלו משתמשות במגע של המטפל או בתנועות גוף שונות של המטופל כדי להקל על תסמינים של מחלות שונות ועל תופעות לוואי כתוצאה מלקיחת תרופות כנגד המחלות האלה. שיטות טיפול אלו כלולות עיסויים שונים, יוגה, טאי-צ'י ועוד.
טיפולים אנרגטיים – שיטות טיפול משלימות שמאמינות שמחלה נגרמה עקב חסימה אנרגטית כלשהי ולכן מרפאות את המחלות השונות ע"י יצירת שנוי אנרגטי בגוף האדם. בין שיטות אלו ניתן למצוא הילינג, רייקי ועוד.
כל שיטות הטיפול והריפוי שנמצאות תחת המטריה הרחבה של רפואה משלימה בירושלים רואות כל מטופל באופן ייחודי ולכן הטיפול משתנה מאדם לאדם וגם יעילותו משתנה מאדם לאדם. חשוב לזכור שכל טיפול כזה או אחר ברפואה משלימה צריך להשלים את הטיפול הרפואי ולא לבוא במקומו או להחליף אותו. (טיפול שמחליף את הרפואה הקונבנציונלית נכלל תחת השם "רפואה אלטרנטיבית ולא "רפואה משלימה). במידה ובוחרים לשלב את הרפואה המשלימה עם טיפול רפואי הכרחי ליידע בעניין את כל הרופאים המטפלים, משלימים וקונבנציונליים, וזאת כדי שהטיפול יהיה גם יעיל וגם בטוח וכדי למנוע נזקים אפשריים עקב התנגשות של תרופות, למשל. הידע הרפואי אמנם מתרחב כל יום אך אין תחליף לאורח חיים בריא כולל פעילות גופנית, תזונה נכונה ומודעות לגוף ולגנטיקה המשפחתית השונה של כל אדם. כל הרופאים, משלימים וקונבנציונליים כאחד, מסכימים שהדרך הטובה ביותר להילחם במחלות היא פשוט למנוע אותן מראש.